Browsing by Author "Ibarra, Borja"
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Publication Condensation prevails over B-A transition in the structure of DNA at low humidity(2011) Hormeño S.; Moreno-Herrero F.; Ibarra, Borja; Carrascosa J.L.; Valpuesta J.M.; Arias-Gonzalez J.R.; "Instituto Madrileño de Estudios Avanzados en Nanociencia (IMDEA Nanociencia), Cantoblanco, Madrid, Spain"," Department of Macromolecular Structure, Centro Nacional de Biotecnología, Consejo Superior de Investigaciones Cientificas, Cantoblanco, Madrid, Spain"; 000000041762408XPublication Cooperativity-Dependent Folding of Single-Stranded DNA(2021) Viader-Godoy X.; Pulido C.R.; Ibarra, Borja; Manosas M.; Ritort F.; "Small Biosystems Lab, Departament de Física de la Matèria Condensada, Facultat de Física, Universitat de Barcelona, Carrer de Martí i Franquès, 1, Barcelona, 08028, Spain"," Instituto Madrileño de Estudios Avanzados en Nanociencia, Imdea Nanociencia, Madrid, 28049, Spain"," Department of Physics and Astronomy, University of Padova, via Marzolo 8, Padova, 35131, Italy"; 000000041762408XPublication DNA replication machineries: Structural insights from crystallography and electron microscopy(2023) Bocanegra R.; Ortíz-Rodríguez M.; Zumeta L.; Plaza-G.A. I.; Faro E.; Ibarra, Borja; 000000041762408X; IMDEA Nanociencia, Campus Cantoblanco, Madrid, SpainPublication DNA replication machinery: Insights from in vitro single-molecule approaches(2021) Bocanegra R.; Ismael Plaza G.A.; Pulido C.R.; Ibarra, Borja; IMDEA Nanociencia, Faraday 9, Campus Cantoblanco, Madrid, 28049, Spain; 000000041762408XPublication DNA replication: In vitro single-molecule manipulation data analysis and models(2021) Jarillo J.; Ibarra, Borja; Cao-García F.J.; University of Namur, Institute of Life-Earth-Environment, Namur Center for Complex Systems, Rue de Bruxelles 61, 5000, Namur, Belgium, Instituto Madrileño de Estudios Avanzados en Nanociencia, IMDEA Nanociencia, C/ Faraday 9, 28049, Madrid, Spain, Departamento de Estructura de la Materia, Física Térmica y Electrónica, Universidad Complutense de Madrid, Pza. de Ciencias, 1, 28040, Madrid, Spain; 000000041762408XPublication DNA synthesis determines the binding mode of the human mitochondrial single-stranded DNA-binding protein(2017) Morin J.A.; Cerrón F.; Jarillo J.; Beltrán-Heredia E.; Ciesielski G.L.; Arias-González J.R.; Kaguni L.S.; Cao F.J.; Ibarra, Borja; "Instituto Madrileño de Estudios Avanzados en Nanociencia, IMDEA Nanociencia, Madrid, 28049, Spain"," Departamento Física Atómica, Molecular y Nuclear, Universidad Complutense, Madrid, 28040, Spain"," Institute of Biosciences and Medical Technology, University of Tampere, Tampere, 33520, Finland"," Department of Biochemistry and Molecular Biology, Center for Mitochondrial Science and Medicine, Michigan State University, East Lansing, MI 48823, United States"," Instituto Madrileño de Estudios Avanzados en Nanociencia (IMDEA Nanociencia), CNB-CSIC-IMDEA Nanociencia Assoc. Unit Unidad de Nanobiotecnología', Madrid, 28049, Spain"," Biotechnology Center (BIOTEC), Technical University Dresden, Tatzberg 47/49, Dresden, 01307, Germany"; 000000041762408XPublication Dynamic constriction and fission of endoplasmic reticulum membranes by reticulon(2019) Espadas J.; Pendin D.; Bocanegra R.; Escalada A.; Misticoni G.; Trevisan T.; Velasco del Olmo A.; Montagna A.; Bova S.; Ibarra, Borja; Kuzmin P.I.; Bashkirov P.V.; Shnyrova A.V.; Frolov V.A.; Daga A.; "Biofisika Institute (CSIC, UPV/EHU) and Department of Biochemistry and Molecular, Biology, University of the Basque Country, Leioa, 48940, Spain"," Scientific Institute, IRCCS E. Medea, Laboratory of Molecular Biology, Bosisio Parini, Lecco, Italy"," IMDEA Nanociencia, C/Faraday 9, Ciudad Universitaria de Cantoblanco, Madrid, 28049, Spain"," Department of Pharmaceutical and Pharmacological Sciences, University of Padova, Padova, Italy"," Nanobiotecnología (IMDEA-Nanociencia) Unidad Asociada al Centro Nacional de Biotecnologia (CSIC), Madrid, 28049, Spain"," A.N. Frumkin Institute of Physical Chemistry and Electrochemistry, Russian Academy of Sciences, Moscow, 119071, Russian Federation"," Federal Research and Clinical Centre of Physical-Chemical Medicine, Moscow, 119435, Russian Federation"," IKERBASQUE, Basque Foundation for Science, Bilbao, 48013, Spain"," Neuroscience Institute, Italian National Research Council (CNR), Padova, Italy"; 000000041762408XPublication Dynamics of individual molecular shuttles under mechanical force(2018) Naranjo T.; Lemishko K.M.; de Lorenzo S.; Somoza, Álvaro; Ritort F.; Pérez, Emilio M.; Ibarra, Borja; "IMDEA Nanociencia, C/Faraday 9, Ciudad Universitaria de Cantoblanco, Madrid, 28049, Spain"," Nanobiotecnología (IMDEA-Nanociencia) Unidad Asociada al Centro Nacional de Biotecnología (CSIC), Madrid, 28049, Spain"," Condensed Matter Physics Department, C/Marti i Franques s/n, University of Barcelona, Barcelona, 08028, Spain"," CIBER-BBN de Bioingeniería, Biomateriales y Nanomedicina, Instituto de Sanidad Carlos III, Madrid, Spain"; 000000041762408XPublication In vitro single-molecule manipulation studies of viral DNA replication(2021) Bocanegra R.; Plaza G.A. I.; Ibarra, Borja; Instituto Madrileño de Estudios Avanzados en Nanociencia, IMDEA Nanociencia, Madrid, Spain; 000000041762408XPublication Kinetic modeling of molecular motors: Pause model and parameter determination from single-molecule experiments(2016) Morin J.A.; Ibarra, Borja; Cao F.J.; "Instituto Madrileño de Estudios Avanzados en Nanociencia (IMDEA Nanociencia), CNB-CSIC-IMDEA Nanociencia Associated Unit 'Unidad de Nanobiotecnología', MADRID, 28049, Spain"," Universidad Complutense de Madrid, Facultad de Ciencias Físicas, Departamento Física Atómica, Molecular y Nuclear, Av. Complutense s/n., Madrid, 28040, Spain"; 000000041762408XPublication Manipulation of single polymerase-DNA complexes: A mechanical view of DNA unwinding during replication(2012) Morin J.A.; Cao F.J.; Valpuesta J.M.; Carrascosa J.L.; Salas M.; Ibarra, Borja; "Instituto Madrileño de Estudios Avanzados en Nanociencia, Madrid, Spain"," Centro Nacional de Biotecnología (Consejo Superior de Investigaciones Científicas), Madrid, Spain"," Departamento de Física Atómica, Molecular y Nuclear, Universidad Complutense de Madrid, Madrid, Spain"," Ctro. de Biologia Molec. Severo Ochoa (Consejo Sup. de Invest. Cientificas-Univ. Autonoma de Madrid), Madrid, Spain"; 000000041762408XPublication Measurements of Real-Time Replication Kinetics of DNA Polymerases on ssDNA Templates Coated with Single-Stranded DNA-Binding Proteins(2021) Cerrón F.; Ibarra, Borja; Hospital Universitario de Canarias, Santa Cruz de Tenerife, Canarias, Spain, Instituto Madrileño de Estudios Avanzados en Nanociencia, IMDEA Nanociencia, Madrid, Spain; 000000041762408XPublication Mechanical measurement of hydrogen bonded host-guest systems under non-equilibrium, near-physiological conditions(2017) Naranjo T.; Cerrón F.; Nieto-Ortega B.; Latorre A.; Somoza, Álvaro; Ibarra, Borja; Pérez, Emilio M.; "IMDEA Nanociencia C/Faraday 9, Ciudad Universitaria de Cantoblanco, Madrid, 28049, Spain"," Nanobiotecnología (IMDEA-Nanociencia), Unidad Asociada Al Centro Nacional de Biotecnología (CSIC), Madrid, 28049, Spain"; 000000041762408XPublication Mechanical properties of high-G·C content DNA with A-type base-stacking(2011) Hormeño S.; Ibarra, Borja; Carrascosa J.L.; Valpuesta J.M.; Moreno-Herrero F.; Arias-Gonzalez J.R.; "Instituto Madrileño de Estudios Avanzados en Nanociencia, Madrid, Spain"," Department of Macromolecular Structure, Centro Nacional de Biotecnología, Consejo Superior de Investigaciones Cientificas, Madrid, Spain"; 000000041762408XPublication Mechanical stability of low-humidity single DNA molecules(2012) Hormeño S.; Ibarra, Borja; Valpuesta J.M.; Carrascosa J.L.; Ricardo Arias-Gonzalez J.; "Instituto Madrileño de Estudios Avanzados en Nanociencia (IMDEA Nanociencia), Cantoblanco, 28049 Madrid, Spain"," Department of Macromolecular Structure, Centro Nacional de Biotecnología (CNB-CSIC), Calle Darwin no3, Cantoblanco, 28049 Madrid, Spain"; 000000041762408XPublication Mechanics, thermodynamics, and kinetics of ligand binding to biopolymers(2017) Jarillo J.; Morín J.A.; Beltrán-Heredia E.; Villaluenga J.P.G.; Ibarra, Borja; Cao F.J.; "Departamento de Física Atómica, Molecular y Nuclear, Facultad de Ciencias Físicas, Universidad Complutense de Madrid, Pza. de las Ciencias, 1, Madrid, Spain"," Instituto Madrileño de Estudios Avanzados en Nanociencia (IMDEA Nanociencia), CNB-CSIC-IMDEA Nanociencia Assoc. Unit 'Unidad de Nanobiotecnología', Madrid, Spain"," Departamento de Física Aplicada i, Facultad de Ciencias Físicas, Universidad Complutense de Madrid, Pza. de las Ciencias, 1, Madrid, Spain"; 000000041762408XPublication Mechanism of strand displacement DNA synthesis by the coordinated activities of human mitochondrial DNA polymerase and SSB(2023) Plaza-G A I.; Lemishko K.M.; Crespo R.; Truong T.Q.; Kaguni L.S.; Cao-García F.J.; Ciesielski G.L.; Ibarra, Borja; "Instituto Madrileño de Estudios Avanzados en Nanociencia, IMDEA Nanociencia, Faraday 9, Spain"," Departamento de Estructura de la Materia, Universidad Complutense de Madrid, Pza. de Ciencias, Spain"," Department of Chemistry, Auburn University at Montgomery, Montgomery, AL 36117, USA"," Department of Biochemistry and Molecular Biology and Center for Mitochondrial Science and Medicine, Michigan State University, East Lansing, United States"," Nanobiotecnología (IMDEA-Nanociencia), Unidad Asociada al Centro Nacional de Biotecnología (CSIC)Madrid 28049, Spain"; 000000041762408XPublication Mechano-chemical kinetics of DNA replication: Identification of the translocation step of a replicative DNA polymerase(2015) Morin J.A.; Cao F.J.; Lázaro J.M.; Arias-Gonzalez J.R.; Valpuesta J.M.; Carrascosa J.L.; Salas M.; Ibarra, Borja; "Instituto Madrileño de Estudios Avanzados en Nanociencia, IMDEA Nanociencia, Madrid, 28049, Spain"," Departamento Física Atómica, Molecular y Nuclear, Universidad Complutense, Madrid, 28040, Spain"," Centro de Biología Molecular 'Severo Ochoa' (CSIC-UAM), Universidad Autónoma, Cantoblanco, Madrid, 28049, Spain"," Instituto Madrileño de Estudios Avanzados en Nanociencia (IMDEA Nanociencia), CNB-CSIC-IMDEA Nanociencia Associated Unit, Unidad de Nanobiotecnología, Madrid, 28049, Spain"," Centro Nacional de Biotecnología (CNB-CSIC), Madrid, 28049, Spain"," Max-Planck-Institute for the Physics of Complex Systems, Nöthnitzer Strasse 38, Dresden, 01187, Germany"; 000000041762408XPublication Optical Tweezers to Investigate the Structure and Energetics of Single-Stranded DNA-Binding Protein-DNA Complexes(2021) Morin J.A.; Cerrón F.; Cao-García F.J.; Ibarra, Borja; Max Planck Institute of Molecular Cell Biology and Genetics, Dresden, Germany, Hospital Universitario de Canarias, Santa Cruz de Tenerife, Spain, Departamento Estructura de la Materia, Física Térmica y Electrónica, Universidad Complutense, Madrid, Spain, Instituto Madrileño de Estudios Avanzados en Nanociencia, IMDEA Nanociencia, Madrid, Spain; 000000041762408XPublication Replicative DNA polymerases promote active displacement of SSB proteins during lagging strand synthesis(2019) Cerrón F.; De Lorenzo S.; Lemishko K.M.; Ciesielski G.L.; Kaguni L.S.; Cao F.J.; Ibarra, Borja; "Instituto Madrileño de Estudios Avanzados en Nanociencia, IMDEA Nanociencia, Madrid, 28049, Spain", "Departamento Estructura de la Materia, Física Térmica y Electrónica, Universidad Complutense, Madrid, 28040, Spain"," Instituto Madrileño de Estudios Avanzados en Nanociencia (IMDEA Nanociencia), CNB-CSIC-IMDEA Nanociencia Associated Unit, Madrid, 28049, Spain"," Department of Biochemistry and Molecular Biology, Center for Mitochondrial Science and Medicine, Michigan State University, East Lansing, MI 48823, United States"," Hospital Universitario de Canarias, Santa Cruz de Tenerife, 38320, Spain"," Department of Chemistry, Auburn University at Montgomery, Montgomery, AL 36117, United States"; 000000041762408X